آیت الله حکیم بیش از دو سال در شوشتر به خواندن ادبیات عرب مشغول بود. در مهر ماه ١٣٢١ ملبس به لباس مقدس روحانیت گردید و جهت ادامه تحصیل به قم مشرف شده و در مدرسه فیضیه اقامت نمود.

طی پنج سال حضور در درس فضلای قم صرف و نحو، منطق، معانی، بیان، بدیع و اصول اعتقادی را آموخت و علاوه بر دروس فوق سیوطی را نزد حجت الاسلام آقا سید محمد کاظم آل طیب، مقداری از مغنی باب اول را نزد آقا شیخ مصطفی عاملی مطول را نزد آقا شیخ ابوالقاسم نحوی، حاشیه ملاعبدالله و معالم و شرح باب حاری عشر را نزد حاج شیخ ابوالفضل قمی حمدیه و شرح نظام را نزد آقا شیخ ابوالقاسم آشتیانی باب رابع مغنی را به اتفاق آقا شیخ محمد تقی مطهری (برادر شهید مطهری) نزد استاد مرتضی مطهری آموخت.

قم - ١٣٢٨ از سمت راست نفر دوم آیت الله حکیم، نفر سوم حجت الاسلام علی دوانی