در تابستان ١٣٤٠ در حالی قصد اقامت در تهران را گرفت که اهالی محله حصار بوعلی شمیران در منطقه  نیاوران از ایشان دعوت نمودند که امامت مسجد جامع این محل را بپذیرد.

از یادداشتهای آیت الله حکیم:
"به حضرت ابوی (آیت الله سید احمد حکیم) نامه نوشتم و از ایشان اجازه خواستم که امام این مسجد شوم. ایشان جواب فرمودند: با داشتن مسجد و امامت جماعت راضی هستم در تهران بمانی."

ایشان از بدو ورود به تهران علاوه بر امامت مسجد، کوشش مستمر در راه تالیف کتب و تدریس معارف اسلامی را داشت.